El origen del pueblo se remonta probablemente al periodo franco, y se cree que significa "dominio de Hagino", un nombre germánico. Esta afirmación se ve confirmada por el descubrimiento de una necrópolis que data de los siglos VI al XVII. En el siglo XVII, una importante comunidad judía se instaló a las puertas de Basilea, donde no eran tolerados. En 1673, Achille de Baerenfels permitió a los judíos establecer un cementerio en sus tierras, que adquirió importancia regional y contiene unas 8.000 tumbas. La sinagoga se construyó en 1821, y el asilo para ancianos judíos se inauguró en 1874.
En 1838 había 845 judíos en Hégenheim.
Aunque la ausencia de industria todavía se deja sentir mucho hoy en día, la ciudad se beneficia sin embargo de las infraestructuras y comercios que la población necesita a diario (panaderías, carnicerías, tiendas de alimentación, farmacias, restaurantes, etc.). No obstante, algunas pequeñas industrias se agrupan en el polígono industrial creado en 1977.
Hegenheim
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