Le Palais Abbatial a été édifié sous l'administration de Louis de Rye (1520-1550), évêque de Genève, 33ème abbé et premier abbé commendataire d'Auberive. Il marque un changement profond qui intervient en 1520 dans l'administration des abbayes : les abbés sont désormais nommés par le Roi. C'est ce que l'on nomme la Commende (concordat de 1520).
La belle façade, aux fenêtres à meneaux, présente à droite une tourelle d'angle avec bouche à feu rappelant le passage des Reîtres allemands en 1567 et 1587 en ce lieu. Les grandes fenêtres ont été ouvertes au XVIIIe siècle, peu avant la reconstruction de la façade du bâtiment principal de l'abbaye en 1779-1784. Aujourd'hui, les nouveaux abbés commendataires y logent lors de leurs courts passages à Auberive. Déserté jusqu'après la Révolution de 1789, le palais abbatial accueillit sous l'Empire la mairie d'Auberive, la gendarmerie, le Conseil de Révision et la salle des fêtes. Abandonné de nouveau, ce bâtiment remarquable est réhabilité avec goût depuis 1974 et est aujourd'hui un restaurant. On devine à gauche de la cour les anciennes remises et écuries des abbés commendataires, et en face de l'abbatiale, les deux maisons du garde général et du brigadier des forêts, construites après la Révolution par Nicolas Caroillon de Vandeuil, acquéreur de l'abbaye (actuellement, maison de l'O.N.F. pour la première)...
