C'est au port Maritima (port à sec) de Martigues que se tient la Capitainerie de tous les ports de Martigues. Les Ports du canal Saint Sebastien (253 places) et du Miroir aux oiseaux (51 places), dans le quartier de l'Ile, au cœur de la Venise provençale, accueillent les petites embarcations.