La villa, citée à deux reprises au VIIIe siècle, est probablement l'ancêtre du village qui réapparaît en 1180 et qui semble appartenir au noyau le plus ancien des possessions des HABSBOURG en Alsace. En 1303, Fessenheim relève de la seigneurie d'Ensisheim et verse un impôt annuel. Ces revenus et l'exercice du droit de justice sont donnés en fief aux nobles d'Illzach et aux WALDNER, puis, au début du XVe siècle, à la famille de RATTERSDORF et aux comtes d'ANDLAU. En 1446, le village est victime du raid des Bâlois et, en 1468, de celui des Lucernois. Sous le règne de Maximilien 1er il passe aux mains du Chancelier Conrad STURTZEL, puis aux TRUCHSESS de WOLHAUSEN qui le conservent jusqu'au début du XVIIe siècle. En 1622, Fessenheim devient propriété des FALKENSTEIN.
En 1690, la seigneurie est rachetée par l'ordre Teutonique (commanderie de Rixheim). Louis XIV la confisquera pendant un certain temps, vu que cet ordre relevait aussi du Saint Empire Romain Germanique. Néanmoins à partir de 1700, et ce pendant une trentaine d'années, la seigneurie de Fessenheim fera l'objet d'un long procès entre son possesseur, l'Ordre Teutonique et le Prêteur Royal KLINGLIN, lequel avait épousé une descendante des FALKENSTEIN. Ce procès tournera à l'avantage de la Commanderie de Rixheim, qui gardera la possession de ce village jusqu'à le Révolution Française.
D'autres lignages ont eu des biens dans le village, tels les REINACH, les d'ANTHES, les AUGUSTINS de Vieux-Brisach ainsi que les DOMINICAINS de la Porte aux Anges de Guebwiller. Au moment des guerres de la Première République et de l'Empire, Fessenheim est une étape pour le passage des troupes ou pour les contrebandiers.
Monuments : Eglise Ste Colombe (1775), Sarcophage mérovingien, Ferme (16e s), Forge Schelcher (1912), Maison Schœlcher – Musée de la Hardt (19e s), Calvaire (1808), usine hydroélectrique (1956), Ecluses à grand gabarit Grand Canal d’Alsace, Maison des Energies, Musée du Sapeur Pompier, Cimetière et Allée du Souvenir (anciennes pierres tombales)
