La villa, citata due volte nell'VIII secolo, è probabilmente l'antenata del villaggio che riappare nel 1180 e che sembra appartenere al nucleo più antico dei possedimenti degli HABSBOURG in Alsazia. Nel 1303, Fessenheim passò sotto la signoria di Ensisheim e pagò un'imposta annuale. Queste entrate e l'esercizio del diritto di giustizia furono dati in feudo ai nobili di Illzach e ai WALDNER, poi, all'inizio del XV secolo, alla famiglia di RATTERSDORF e ai conti di ANDLAU. Nel 1446, il villaggio fu vittima di un'incursione degli abitanti di Basilea e, nel 1468, degli abitanti di Lucerna. Durante il regno di Massimiliano I, passò nelle mani del cancelliere Conrad STURTZEL e poi della famiglia TRUCHSESS de WOLHAUSEN, che lo tenne fino all'inizio del XVII secolo. Nel 1622, Fessenheim divenne proprietà della famiglia FALKENSTEIN.
Nel 1690, la signoria fu acquistata dall'Ordine Teutonico (commenda di Rixheim). Luigi XIV la confiscò per un certo periodo, poiché anche questo ordine faceva parte del Sacro Romano Impero Germanico. Tuttavia, a partire dal 1700 e per circa trent'anni, la signoria di Fessenheim fu oggetto di una lunga battaglia legale tra il suo proprietario, l'Ordine Teutonico, e il prestatore reale KLINGLIN, che aveva sposato un discendente della famiglia FALKENSTEIN. La causa si risolse a favore della Commenda di Rixheim, che mantenne il possesso del villaggio fino alla Rivoluzione francese.
Altre casate possedevano proprietà nel villaggio, come i REINACH, i d'ANTHES, gli AUGUSTIN di Vieux-Brisach e i DOMINICAIN della Porte aux Anges di Guebwiller. Durante le guerre della Prima Repubblica e dell'Impero, Fessenheim era un punto di sosta per truppe e contrabbandieri.
Monumenti: chiesa di Ste Colombe (1775), sarcofago merovingio, fattoria (XVI secolo), fucina Schelcher (1912), Maison Sch?lcher? Musée de la Hardt (XIX secolo), Calvario (1808), centrale idroelettrica (1956), chiuse del Grand Canal d'Alsace, Maison des Energies, Musée du Sapeur Pompier, Cimitero e Allée du Souvenir (vecchie lapidi)
